1.避免選用玻璃或金屬等無法膨脹的容器。
2.用鮮垃圾包括剩飯、鮮菜葉、水果皮等準備丟掉的蔬菜或植物，不包括廢紙、塑膠、金屬罐頭和瓶子。
3.避免使用魚、肉、或油膩的廚餘，因為會造成腐臭味；如果要製作出來的酵素有清香氣味，可以加橘皮、檸檬皮和班蘭葉等氣味較好的蔬菜果皮。如果你放比較多菜類的話，它的味道就會有一點像鹹菜味道，如果你放多果皮，它的味道就會很香。做完後記得寫上製作日期。
4.成功的環保酵素呈棕黃色，而且有橘子般的刺激氣味，將製好的環保酵素過濾到瓶子中待用；如果酵素呈現黑色，即腐敗，失敗了，但只需加入同樣分量的黑糖，重新發酵3個月即可。
5. 環保酵素在第一個月發酵的時候，你會聞到會有酒精的味道；第二個月你就會開始聞到酸酸的味道，那個是醋酸 ，裏面很多的物質，礦物質維他命等等，再經分解後就產生了酵素。普潘翁博士說三個月過後，環保酵素就可以拿來使用了，它會非常的穩定 ! 當然三個月過後，你可以直接保留放著，不一定要馬上把酵素倒出來，它可以存放一年，兩年，三年，十年，二十年都沒問題，發酵6個月或以上的酵素最好，發酵期越久，裏面的分子會越小，因為它會繼續的發酵，分解。當分子越小的時候滲透力就越強，效果越佳。環保酵素不會過期，越久越醇。
切勿放置冰箱，低溫會降低酵素的活性。
6. 如果發現液體表面產生白色、黑色或棕色的漂浮物，不必理會，讓它繼續發酵。不同的環境， 果菜會發酵出不同顏色的益菌，根據製作過程中如果發現蒼蠅卵，不必擔心，發酵過程會將它們分解掉，這也說明環保酵素不會對生物帶來危害。 有一些酵素，它上面會生一層白白的，像黴菌類，放心，那些都是細菌的屍體。
有一些人做好酵素之後放著，隔了很長的一段時間後，它忽然間就會開始生一層好像果凍的東西。 它是酵母酵素的“媽媽”: 你可以把這一片拿出來，放在一個空罐上，然後加水放著，它本身就是酵素了。
7. 活用發酵後留下的垃圾渣：
- 可以拿來曬乾，攪碎後埋在土裡充作肥料。
- 攪碎後加入黑糖或黃糖，倒入馬桶凈化糞池，它可以分解掉那些铵，转化成为对我们环境很好，对我们植物很有效的硝酸盐(nitrate)
- 或可繼續留在容器內，加入新的鮮垃圾再次釀制酵素。
9.保住大氣層：如果每戶人家都將家中的垃圾，轉化為環保酵素並善於利用，不但能大大減少毒害環境和令地球增溫的廢氣，還能製造出能降低室溫效應及修補大氣層的臭氧，而能綠化地球，暖化人心。
